DIAN ACLARA LA FACTURACIÓN DE COPAGOS Y CUOTAS MODERADORAS EN SALUD: CUANDO PAGAN EL USUARIO Y LA EPS DEBEN EXPEDIRSE DOS FACTURAS

DIAN ACLARA LA FACTURACIÓN DE COPAGOS Y CUOTAS MODERADORAS EN SALUD: CUANDO PAGAN EL USUARIO Y LA EPS DEBEN EXPEDIRSE DOS FACTURAS

Fecha: 23 de junio de 2026 Concepto: DIAN 012008, interno 1012, de 2026 Publicación DIAN: 30 de junio de 2026 Entidad: Dirección de Impuestos y Aduanas Nacionales – DIAN Tema: Facturación electrónica – servicios de salud – copagos – cuotas moderadoras – EPS – RIPS – factura electrónica de venta

La DIAN precisó cómo deben facturarse los servicios de salud cuando una parte de su valor es pagada directamente por el usuario mediante copago o cuota moderadora y el saldo es asumido por una EPS, entidad responsable del pago u otro pagador. La regla es clara: esos valores pagados por el usuario no son, por regla general, simples anticipos; cuando corresponda al acceso y utilización de un servicio efectivamente prestado, surge la obligación de facturarlos. Si el pago está dividido entre usuario y EPS, la distribución debe reflejarse en dos facturas diferentes , aunque materialmente exista un solo servicio de salud.

¿QUÉ ACLARÓ LA DIAN?

El Concepto 012008 añadió el numeral 1.1.11.4 al Concepto Unificado 0106 de 2022 sobre obligación de facturar y Sistema de Factura Electrónica.

La DIAN buscó resolver dos problemas principales: cómo tratar los copagos, cuotas moderadas y demás valores asumidos directamente por los usuarios, y cuál es la función del Registro Individual de Prestación de Servicios de Salud –RIPS– frente a la factura electrónica.

La entidad delimitará además su competencia: su pronunciamiento se refiere exclusivamente a las reglas tributarias del Sistema de Facturación Electrónica . La regulación técnica y sectorial del RIPS y de los instrumentos propios del sistema de salud continúa bajo competencia del Ministerio de Salud y Protección Social.

LOS COPAGOS NO SON, POR REGLA GENERAL, ANTICIPOS

Esta es la primera precisión importante.

La DIAN señaló expresamente:

“los copagos no tienen, por regla general, la naturaleza de anticipados”

dentro del Sistema de Facturación Electrónica.

La razón está en la naturaleza económica de la operación.

Un verdadero anticipo corresponde a una suma entregada a buena cuenta que todavía no remunera, por sí misma, una venta o prestación concreta. Por ello, la entrega del anticipo no genera necesariamente en ese momento la obligación de facturar.

El copago funciona de manera diferente: corresponde a un valor que el usuario entrega para acceder y utilizar el servicio de salud que está recibiendo . Existe entonces una conexión directa entre el pago y la prestación efectiva.

LA FACTURA SURGE POR LA OPERACIÓN REAL, NO POR EL NOMBRE CONTABLE DEL DINERO

La DIAN construye aquí una regla especialmente importante:

“la obligación surge por la realización de la operación económica y no por la denominación contable del recaudo”.

Por tanto, denominar internamente una suma como “anticipo”, “copago”, “recaudo”, “cuota” o cualquier otra expresión no determinada por sí mismo su tratamiento dentro del Sistema de Facturación Electrónica .

Debes analizar qué ocurrió realmente.

Si el usuario recibió el servicio y el valor pagado remuneración por su acceso o utilización, existe una operación económica que debe documentarse conforme a las reglas de facturación.

¿QUÉ NORMAS FUNDAMENTAN LA OBLIGACIÓN?

La DIAN identifica principalmente los artículos 615, 616-1 y 617 del Estatuto Tributario .

El artículo 615 ET establece la obligación general de expedir factura o documento equivalente por las operaciones de venta de bienes y prestación de servicios.

El artículo 616-1 ET regula el Sistema de Facturación y la factura electrónica.

El artículo 617 ET establece los requisitos tributarios que deben reunir la factura.

Estas disposiciones se complementan con la Resolución DIAN 000227 de 2025 , que regula, entre otras materias, la generación, transmisión, validación y entrega de la factura por cada operación de venta o prestación de servicios al momento de realizada.

SI EL USUARIO PAGA UNA PARTE Y LA EPS OTRA, EXISTEN DOS FACTURAS

Esta es probablemente la consecuencia de la práctica más importante de la doctrina.

Supongamos que existe un servicio de salud cuyo valor total es asumido parcialmente por el paciente y parcialmente por la EPS.

La DIAN establece que la facturación debe reflejar esa distribución.

La parte pagada directamente por el usuario debe quedar documentada en la factura correspondiente al usuario.

La parte asumida por la EPS, entidad responsable de pago, medicina prepagada u otro pagador debe documentarse de acuerdo con esa segunda relación económica.

El concepto lo expresa directamente:

“existirán dos facturas de venta”.

DOS FACTURAS NO SIGNIFICAN DOS SERVICIOS

La DIAN hace inmediatamente esta precisión para evitar una interpretación equivocada.

Puede existir un único servicio médico , pero dos sujetos diferentes asumiendo económicamente su pago.

Por tanto:

Servicio prestado: uno.

Parte pagada por el usuario: una factura.

Parte asumida por la EPS u otro pagador: otra factura.

Las dos facturas reflejan la distribución económica del pago; no convierte artificialmente una atención médica en dos servicios independientes .

EJEMPLO PRÁCTICO DE LA PROPIA DIAN

El concepto contiene un ejemplo especialmente útil.

Un traslado asistencial de un paciente cuesta:

Valor total del servicio: $100.000

El usuario paga como copago:

$12.000

La EPS asume:

$88.000

La facturación debe reflejar exactamente esa distribución.

Se expide una factura por los $12.000 pagados por el usuario y otra factura por los $88.000 a cargo de la EPS .

La suma de ambas corresponde al valor económico del único servicio prestado:

$12.000 + $88.000 = $100.000.

Cada factura documenta la porción que corresponde al respectivo adquirente o pagador.

EL RIPS NO REEMPLAZA LA FACTURA ELECTRÓNICA

El segundo gran problema resuelto por la DIAN corresponde al Registro Individual de Prestación de Servicios de Salud –RIPS– .

La Resolución 2275 de 2023 del Ministerio de Salud regula el RIPS como soporte de la factura electrónica de venta en salud y permite registrar información administrativa, financiera y asistencial relacionada con la prestación.

Pero la DIAN establece:

“el RIPS, como soporte en el sector salud, no sustituye la factura electrónica de venta”.

Esta diferencia es fundamental.

El RIPS soporta y permite validar información de la prestación , mientras que la factura electrónica cumple la función tributaria de documentar la operación económica.

Una cosa no reemplaza a la otra.

LA REGULACIÓN DEL RIPS TAMPOCO CONVIERTE EL COPAGO EN ANTICIPO

La DIAN examinó expresamente la Resolución 2275 de 2023 del Ministerio de Salud y concluyó que esa regulación no reclasificó fiscalmente los copagos como anticipados .

Los campos técnicos incorporados para registrador de información sectorial permiten identificar y transmitir información relacionada con la atención, facturación, radicación y pago.

Pero la existencia de esos campos no modifica la naturaleza tributaria de la operación.

La DIAN insiste en que las reglas técnicas del RIPS no desplazan las normas tributarias que determinan cuándo surge la obligación de facturar .

LA EPS NO TIENE QUE APARECER NECESARIAMENTE COMO RESPONSABLE DEL 100 % DEL SERVICIO

Otra aclaración práctica del concepto es especialmente relevante para los sistemas de facturación de las IPS.

La DIAN señala que:

“No es una exigencia del sistema de facturación electrónica que el ciento por ciento del servicio figura necesariamente en cabeza de la EPS”

cuando parte del valor fue efectivamente asumido por el usuario.

El sistema debe reflejar la realidad económica.

Si el paciente pagó una parte y la EPS otra, la documentación tributaria debe representar esa distribución sin perder la trazabilidad del servicio integral.

COSTOS, DEDUCCIONES E IVA DESCONTABLE TAMBIÉN DEPENDERÁN DE LA REALIDAD DE LA OPERACIÓN

La DIAN termina introduciendo una precisión que amplía los efectos de la doctrina.

La procedencia de costos, deducciones, impuestos descontables y reportes de información exógena debe evaluarse considerando conjuntamente:

la realidad de la operación, los expedidos electrónicos, el RIPS cuando corresponde y las normas especiales aplicables.

Por tanto, la factura y el RIPS no deben analizarse como documentos aislados.

Deben permitir reconstruir de manera coherente la operación económica efectivamente realizada.

¿A QUIÉNES LES APLICA?

La doctrina afecta directamente a las IPS y demás prestadores de servicios de salud obligados a facturar , incluidos prestadores de transporte asistencial cuando recauden copagos y presentan el servicio correspondiente.

También afecta operativamente a las EPS, entidades responsables de pago, entidades de medicina prepagada y demás pagadores , porque la porción económica que se asume debe quedar correctamente documentada.

Para los usuarios o pacientes, la doctrina significa que el valor que pagan directamente como copago o cuota moderadora, cuando corresponde al servicio efectivamente recibido, debe quedar respaldado por la factura correspondiente.

IMPORTANCIA PRÁCTICA

El concepto obliga a mirar la operación económica real antes de decidir cómo facturar.

No basta con observar cómo fue denominado el recaudo dentro de un software administrativo o contable.

La secuencia correcta es:

Servicio efectivamente prestado → identificación de quién paga → determinación de cuánto paga cada sujeto → expedición de la factura correspondiente → RIPS como soporte sectorial cuando resulte aplicable.

Esto permite mantener simultáneamente la unidad económica del servicio y la identificación de cada sujeto que asume una parte de su valor.

ESTADO ACTUAL

Doctrina vigente e incorporada al Concepto Unificado 0106 de 2022 sobre obligación de facturar y Sistema de Factura Electrónica. El Concepto DIAN 012008, interno 1012, fue expedido el 23 de junio de 2026 y publicado por la DIAN el 30 de junio de 2026 . Adicionó formalmente el numeral 1.1.11.4 relativo al tratamiento de los copagos y al alcance del RIPS.

La regla doctrinal queda así: los copagos y cuotas moderadas asociadas al servicio efectivamente recibidos no son, por regla general, anticipados; deben facturarse. Cuando una parte del servicio es pagada por el usuario y otra por la EPS u otro pagador, la distribución se documenta mediante dos facturas, sin que ello implique la existencia de dos servicios diferentes. El RIPS sirve como soporte de la factura electrónica en salud, pero no la sustituye ni modifica por sí mismo las obligaciones tributarias de facturación.

Consultar Concepto DIAN 012008, interno 1012, de 2026 — fuente oficial